大学や公共機関の研究に明確な反対はしていませんが、スローフードは遺伝子組み換え作物の商業栽培に反対しています。我々人類は、植物の遺伝子を他のものへ移し替える技術を持ち、自然と農業の生物多様性を脅かしながらも、その結果を予測し、抑制する能力をまだ持っていません。遺伝子組み換え作物のもう一つの問題は、農業従事者からどのような作物を育てるか選ぶ権利を奪ってしまうということです。遠くから遺伝子組み換え作物の花粉がたどり着き、従来のまたは有機農法の畑で受粉してしまえば、図らずも生産者は栽培したことのない作物を育てることになります。何を支持し、食べるのかを消費者が選択するために、遺伝子操作されたすべての生産物は、その真実を商品に表示し、正確な情報を提供する必要があるとスローフードは考えます。